Precalentamos el horno con calor arriba y abajo a 180 grados centígrados.
Preparamos una tabla para cortar vegetales. Empezamos cortando la cebolla, la cortamos por la parte alta, como si le abrieramos una tapa. Le vaciamos la mitad de las capas interiores. Éstas las cortamos a dados y reservamos. Continuamos con la zanahoria, primero la pelamos con un pelapatatas y luego la cortamos a dados del mismo tamaño que la cebolla. Lavamos los champiñones si tienen restos de tierra y los cortamos a dados. Preparamos la carne picada en un plato y le añadimos sal, pimienta y tomillo.
Ponemos una sartén a fuego medio, añadimos una cucharada de aceite de oliva y cuando empiece a coger temperatura añadimos la cebolla troceada, salpimentamos y movemos un poco. Cocinamos poco a poco hasta que la cebolla esté de color transparente. A continuación añadimos la zanahoria y sazonamos con el tomillo. Cocinamos y movemos para que se cocine por todas las partes por igual. Pasados 10 minutos añadimos la carne picada. Cocinamos moviendo e integrando todos los ingredientes hasta que la carne esté bien cocinada pero sin dorarse. A continuación, añadimos los champiñones, cocinamos por 5 minutos más y apagamos el fuego. Añadimos el tomate frito y removemos para que se integre con todos los ingredientes por igual.
Pasamos a rellenar la cebolla. Para ello, preparamos una fuente de cristal o cualquier fuente resistente al horno. Con ayuda de una cuchara la rellenamos. Por último, espolvoreamos un poco de queso por encima y ya podemos introducirlas al horno.
Hornear durante 20 minutos o hasta que veamos que la cebolla se ha cocinado lo suficiente. Y listo, ¡Ya podemos apagar el horno y servir!
Podemos decorar con un poco de cebollino picado.